До середины XVIII столетия на территории современного Борка находилась небольшая деревня, которая называлась Борок. Усадьба Борок была основана Егором Алексеевичем Алексеевым, который в 1807 году купил эту землю у графини Анны Николаевны Мусиной-Пушкиной. Обустройство усадьбы закончил в 1830-е гг. его сын отставной подпоручик Алексей Петрович Щепочкин, последним владельцем усадьбы был внук А.П. Щепочкина революционер-народник, председатель Русского общества любителей мироведения, философ и ученый Николай Александрович Морозов. Усадьба «Борок» одна из немногих не была ационализирована в советские годы. В 1938 году по инициативе Морозова в Борке была организована Верхне-Волжская база Академии наук СССР. Новая жизнь посёлка началась в 50-х годах XX века, когда в Борок был направлен дважды герой Советского Союза, контр-адмирал, легендарный полярник Иван Дмитриевич Папанин. Биостационар был преобразован в Институт биологии водохранилищ.