В музее экспонируется 287 видов позвоночных животных из 350, обитающих на территории Ярославской области. Большинство экспонатов собрано вокруг Борка, в районе радиусом не более 18 километров.
Некоторые элементы экспозиции:
Комната с холоднокровными животными – рыбы, земноводные, пресмыкающиеся, экзотические экземпляры (рыба-шар, рыба-бык, морская игла и др.).
Комната с теплокровными животными – коллекция птиц, ночных и дневных пернатых хищников, есть редкие экземпляры (орлан-белохвост, лебедь-кликун, ястреб-тетеревятник кавказской популяции).
Палеонтологический и минералогический отделы – представлены исключительно местным материалом.
Фенологическая комната – экспонаты расположены по сезонам года, есть календари и таблицы за 36 лет фенологических наблюдений, проведённых в данной местности.